Buenas,

parece ser que en Ubuntu (tengo la versión 11.04), el asistente no se puede maximizar y la ventana es muy pequeña, con lo que no deja ver los botones para crear los jugadores,...

Me respondo yo a mí mismo jeje

Editar la clase JavaCupCodeGenerator
y añadir el código:
a.setResizable(true);

La clase quedaría

import java.awt.Dimension;
import javax.swing.UIManager;
import org.javahispano.javacup.gui.asistente.AsistenteFrame;

public class JavaCupCodeGenerator {

public static void main(String[] args) throws Exception {
try {
UIManager.setLookAndFeel(com.jtattoo.plaf.graphite.GraphiteLookAndFeel.class.getName());
} catch (Exception e) {
}
AsistenteFrame a = new AsistenteFrame();
a.setSize(new Dimension(710, 440));
a.setLocationRelativeTo(null);
a.setResizable(true);
}
}