En este momento estoy realizando una aplicacion con la siguiente arquitectura
JDK 1.6
Tomcat 7
Hibernate 3.x

Deseo utilizar el pool de conexiones C3P0, pero no se donde debo configurar este, si solo en el descriptor de hibernate (hibernate.cfg.xml) o si también en el context del tomcat y en el web.xml...

Gracias saludos desde Colombia

Échale un ojo a la documentación oficial de C3P0, allí vienen ejemplos de lo que preguntas.

Aunque la respuesta de antoniovl es obvio que JAM investigo antes de postear... o bueno eso lo voy a dar por cierto y voy a dar la respuesta directa...
1) Debes agregar los .jar de C3P0
2)Agregas esto al descriptor de hibernate y como por arte de magia vas a tener tu pool de conexiones

<property name="connection.provider_class">org.hibernate.connection.C3P0ConnectionProvider</property>
<property name="hibernate.c3p0.acquire_increment">1</property>
<property name="hibernate.c3p0.idle_test_period">100</property> <!-- seconds -->
<property name="hibernate.c3p0.max_size">5</property>
<property name="hibernate.c3p0.max_statements">10</property>
<property name="hibernate.c3p0.min_size">3</property>
<property name="hibernate.c3p0.timeout">200</property> <!-- seconds -->
<property name="hibernate.c3p0.validate">SELECT 1</property>

No voy a explicar nada de estas lineas pero echale un ojo a mi web que dentro de poco escribire algo sobre el tema