Con la información que das, yo quizás me decantaría por emplear algún CMS como OpenCms.
Complementando lo que menciona Abraham, puedes utilizar OpenKM. Está totalmente implementado en Java, y además cuenta con una API de programación basada en web services que puedes integrar a tu aplicación.
He visto una implementacion en PHP.
Open Upload, una aplicación PHP de código
abierto que te permite crear un servicio al estilo Megaupload
Buen día, necesito desarrollar un sitio donde pueda subir y descargar archivos (PDF, DOC, PPT, etc.)
Servidor Intranet
Que los usuarios tengan permisos personalizados, para poder subir sólo a una carpeta determinada, escritura/lectura.
El usuario se tiene que loguear para acceder al sitio y consultar, descargar, subir archivos.
Tengo un servidor disponible para esto, los usuarios estarían en la LAN y desde internet. Tengo una IP fija disponible.
Me gustaría usar una BD MySQL para almacenar los usuarios, archivos, etc.
¿Que tecnológias me recomiendan para hacer esto con Java?
Gracias y saludos