Hola,
te dejo un ejemplo de como usar derby
http://www.imagineanddo.com/2011/10/informatica-java-crear-base-de-datos.html
si te es de utilidad, ayudame con un comentario
yo la he usado, y funciona muy bien, incluso con EJB 3 la he probado y me ha funcionado de maravilla de forma embebida en una aplicación pequeña, la recomiendo si vas a crear una aplicación que deba tener un fácil y rápido despliege en cada pc.
Saludos, alguien a utilizado la base de datos derby , es la que trae el jdk , alguien la utilizado con base de datos de una aplicacion java y la incluido dentro del jar de la aplicacion.