La pregunta es amplia, pero de lo que yo conozco te comento que puedes descargar la última versión de NetBeans y seguir los tutoriales de JavaEE que son muchos y son buenos: http://netbeans.org/kb/trails/java-ee.html
+1. La mejor opción es netbeans y hacer uso de sus tutoriales.
Además, tienes ejemplos predefinidos de varias tecnologías clickando nuevo proyecto -> samples.
Mira aquí: http://www.dosideas.com/cursos/course/view.php?id=4
Que herramientas me recomiendan para desarrollar una aplicacion web con acceso a base de datos? es para un sistema de control de stock y facturacion..
Yo trabajo con jse ya hace 5 años y ahora entro en todo lo referente a web