Bien, para un proyecto de la U no han puesto a hacer algo cercano a un IDE de Java, con algunas característica como dejar hacer diagramas UML y a partir de estos generar código Java, pero he querido ir un poco más allá de esto y lograr compilar el programa y permitirle al usuario probarlo sin que el tenga que abrir el cmd.exe javac... Ustedes me entienden, y pues he intentado vario métodos, el primero fue escribir un .bat y ejecutarlo, (fallido) el segundo ejecutar el comando desde Runtime y procces fallido, y pues fijandome en un algunas de las caracteristicas de Java, pensé en usar el javaw.exe que es la consola, tengo entendido propia de Java, pero no sé como realizar esto, si me pueden ayudar les agradecería muchísimo

Buenas,

Con los comandos javac y java puedes hacer eso sin problemas. Aqui tienes una guia de como usarlos:
http://www.cs.swarthmore.edu/~newhall/unixhelp/debuggingtips_Java.html

En cualquier caso esto es ridiculamente trivial comparado con lo que comentas de permitir disenar UML con tu programa y que ademas este haga ingenieria inversa a partir de los diagramas. Ya tienes hecha esa parte?

Un saludo