Lo primero será ver un poco que tecnologías sabes porque con Maven puedes montar un proyectos con módulos que cada uno sea lo que tienes en mente. Así que te recomiendo que mires como trabajar con Maven porque te hará la vida más fácil.

Yo creo que la estructura que planteas está bien

Pero yo lo haría de la siguiente forma:

1 - Proyecto que genera un JAR con la capa de datos de tu proyecto, común a todos.
2 - Proyecto que genera un JAR con los servicios comunes a todos los módulos, autenticación, llamadas a servicios comunes (usuarios, tablas maestras..)
3 - Un Proyecto por módulo que genera un JAR con la lógica de negocio de ese módulo en particular y que usará los anteriores.
4 - Un proyecto que genera un WAR para desplegar la aplicación en un servidor de aplicaciones con todo la parte FRONT y haciendo uso de todos los JAR anteriores.

Con maven esto lo puedes hacer de forma fácil ya que la gestión de las dependencias que lleva integradas hace que un proyectos integrado con maven, cada vez que generes uno de tus JAR, los proyectos que lo utilizan lo actualizarán sin tener que copiar tu nada a mano. A parte de que te crea los proyectos en módulos asociados y no tienen que ser proyectos independientes.

También puedes hacerlo de forma tradicional con proyectos independientes y generando lo que necesitas y poniendo las librerías en cada proyectos según las necesiten.

Para un novicio, como tu dices :-), pensar ya en este tipo de estructura nos hace ver que estás dejando de ser un novicio y avanzas rápido.

Suerte!!