Trata de hacer lo mismo con EJB y es imposible.

Usuarios u=new Usuarios();
u.setId_usuario(3);
u=usuariosFacade.find(u);
Cuestionarios c=new Cuestionarios();
c.setId_cuestionario(1);
c=cuestionariosFacade.find(c);
c.getUsuarios().add(u);
u.getCuestionarios().add(c);
usuariosFacade.create(u);
cuestionariosFacade.create(c);

No pasa nada :(