Tu problema real no es que el cuadro de diálogo bloque el EDT; tu problema es que estás haciendo la carga de datos en el EDT. Eso hará que toda la aplicación Swing no responda a eventos hasta que termine esa tarea que lleva un minuto ejecutar. Tienes que crear un thread para ejecutar esa tarea costosa, que sea independiente del EDT.
Más información al respecto aquí:
http://www.javahispano.com/contenidos/es/tutorial_de_multitarea_en_swing_por_jose_maria_vegas/
Hola
Estoy haciendo una aplicación de escritorio, con un frame principal, el problema es que cuando pulso un botón, la aplicación realiza un tarea que lleva un minuto más o menos, lo que quería es cuando el usuario pulsa el botón, salga un pequeña ventana diciendo 'cargando datos', entonces la ventana iva a ser de tipo dialog pero el problema es que cuando llamas al método setvisible(true), bloquea el hilo de frame principal, entonces no sé como hacerlo, a ver si alguien me echa un mano (no al cuello) para solucionar el problema.
Adios
Saludos