Bueno, yo te puedo confirmar que JPA funciona bien con mas de una llave foránea. Lo que alcancé a leer en tu stacktrace aparentemente está relacionado con la estructura de una llave compuesta. Muestranos la estructura de tus tablas relacionadas.
aqui esta la entity de precios.java
http://pastebin.com/cpgt1z9r
y aqui esta el modelo que involucra esa entidad
http://imageshack.us/photo/my-images/703/preciost.png/
bueno estoy desarrollando una aplicacion de escritorio y quise hacerlo con jpa.... con netbeans 7.1 implemente con jpa las entidades desde la base de datos, luego genere los controladores de esas clases entidad y luego al tratar de hacerlo correr desde una clases con un metodo main
EntityManagerFactory emf = Persistence.createEntityManagerFactory("JALMACENJPA2PU");
EmpresasJpaController ec = new EmpresasJpaController(emf);
ec.findEmpresasEntities();
me sale un error... que esta en el siguiente link...
http://pastebin.com/yZT69jcS
si alguien me puede guiar aparentemente hay un problema con las foreaneas cuando hay mas de una...... lo genere con netbeans no he tocado nada....