¿Qué código usas para obtener el ResultSet?.

Ya veo donde hay un par de problemas.

1.- ResultSet es un interface. No puedes dar por supuesto que alguna de sus implementaciones no vaya a dar un valor null.
Debes usar un
if(rs!=null)
para asegurarte de que al llamar a alguno de sus métodos, como next, no te lance una excepción.

2.- Acuérdate de cerrar el ResultSet y el Statement después de usarlos, no solo la conexión. Si no lo haces, tendrás un memory leak, porque el Garbage Collector no puede eliminarlos del heap.

Con más calma, te adjunto dos maneras de abordar la cuestión, la 2ª usando JavaSE 1.7 try-with-resources.

public VinculaReciboFactura buscarReciboXIdFactura(int idFactura) {
VinculaReciboFactura unVinculaReciboFactura = null;
Connection con = null;
Statement st = null;
ResultSet rs = null;
try {
con = DriverManager.getConnection(url, login, password);
st = con.createStatement();
rs = st.executeQuery("SELECT * FROM VinculaReciboFactura WHERE idFacturaVinculaReciboFactura =" + idFactura);
if (rs != null) {
rs.next();
unVinculaReciboFactura = new VinculaReciboFactura();

unVinculaReciboFactura.setIdVinculaReciboFactura(rs.getInt(1));
unVinculaReciboFactura.setIdReciboVinculaReciboFactura(rs.getInt(2));
unVinculaReciboFactura.setIdFacturaVinculaReciboFactura(rs.getInt(3));
}
} catch (SQLException ex) {
} finally {
try {
rs.close();
st.close();
con.close();
} catch (SQLException ex) {
}
}
return unVinculaReciboFactura;
}

public VinculaReciboFactura buscarReciboXIdFactura(int idFactura) {
VinculaReciboFactura unVinculaReciboFactura = null;
try (Connection con = DriverManager.getConnection(url, login, password);
Statement st = con.createStatement();
ResultSet rs = st.executeQuery("SELECT * FROM VinculaReciboFactura WHERE idFacturaVinculaReciboFactura =" + idFactura)) {
if (rs != null) {
rs.next();
unVinculaReciboFactura = new VinculaReciboFactura();

unVinculaReciboFactura.setIdVinculaReciboFactura(rs.getInt(1));
unVinculaReciboFactura.setIdReciboVinculaReciboFactura(rs.getInt(2));
unVinculaReciboFactura.setIdFacturaVinculaReciboFactura(rs.getInt(3));
}
} catch (SQLException ex) {
}
return unVinculaReciboFactura;
}

Éste es el método genérico que utilizo para los ResulSet:

@SuppressWarnings("unchecked")
private <T> Map<Integer, List<T>> processQuery(final Connection connection, final PreparedStatement preSQLstatement) throws SQLException {
Map<Integer, List<T>> tableData = null;
try (final ResultSet results = preSQLstatement.executeQuery();
final ResultSet rowCount = connection.prepareStatement(("SELECT COUNT(*) AS rows FROM ".concat(results.getMetaData().getTableName(1)))).executeQuery()) {
if (rowCount.next()) {
final int rows = rowCount.getInt("rows");
if (rows > 0) {
tableData = new HashMap<>(2 * rows);
// we first get the number of columns from the table metadata
final int tableColumns = results.getMetaData().getColumnCount();
// now we can loop through every row in the table to fetch data
// by walking down the table rows, moving the cursor one at a time
while (results.next()) {
// we create the row contents list
final List<T> rowElements = new ArrayList<>(2 * tableColumns);
// now we loop through every column in the row
for (int column = 1; column <= tableColumns; column++) {
// to fill the list with row contents
rowElements.add((T) results.getObject(column));
}
// we set the data map with the row data fetched
// the database counts rows from 1, so we adjust the map key
tableData.put(results.getRow() - 1, rowElements);
}
}
}
}
return tableData == null ? new HashMap<Integer, List<T>>(0) : tableData;
}

Con H2 me funciona a la perfección; pero tratándose de un driver JDBC de MySQL, como es el caso de la cuestión en este hilo, ¡No pongo la mano en el fuego!, que ya he tenido demasiadas "rarezas" con varios de ellos, en el pasado.

Ese código usa try-with-resources de JavaSE 1.7, en el que tanto ResultSet como PreparedStatement implementan AutoCloseable.