yo nunca tendría una base de datos abierta en Internet. Me parece un agujero de seguridad como un túnel de autopista.

¿Exactamente por qué va lento? Si es por la propia red, que es lo que parece por lo que describes, no hay más solución que buscar una red más rápida o, si es posible, usar la red menos desde la aplicación.

Otro tema es que lo que quieras es mejorar la percepción de la velocidad, y no la velocidad realmente. Teniendo en cuenta que es una aplicación de escritorio y seguramente has usado swing ¿has hecho las consultas a la base de datos fuera del EDT no?

Poner directamente una base de datos en Internet es un medio suicidio porque seguro que alguien encontrara algún agujero de seguridad. Lo típico en estos casos es meter un servidor web delante y exponer a través de servicios los datos de la base de datos. El servidor web es lo único público. Y un servidor web es bastante más fácil de hacer seguro que una base de datos.

Y sí, cualquier operación que vaya a llevar mucho tiempo, como las operaciones de entrada y salida, en una aplicación sin deben de ir en un thread distinto del EDT para evitar que se congele la interfaz de usuario. Pero ojo, esto no va a hacer que las cosas vayan más rápido. Simplemente va a hacer que la interfaz de usuario siga respondiendo, la experiencia del usuario será mejor y éste podría tener la impresión de que las cosas van más rápido. Pero no irán más rápido en absoluto.

Si necesitas más información de cómo hacer esto mirate:

http://www.javahispano.org/portada/2011/8/1/tutorial-de-multitarea-en-swing-por-jose-maria-vegas.html