Guenas.

El tratamiento de imagenes en java es bastante impresionante. Una vez leida una imagen puedes hacer lo que quieras con la misma.

Lo que te aconsejo es que te mires de el tutorial 2d de java, accesible a todo dios y bastante completo,El tema de obtener el formato de salida deseado (igual que el de entrada) lo puedes obtener de JavaIO otra api muy documentada.

Java dispone de herramientas extraordinarias en su nucleo para el manejo de una imagen o parte de ellas. Aunque a veces se quiera vender java como inutil para graficos ante otros lenguajes como C++ la verdad es que Java es extremadamente eficiente en ello si lo usamos a bajo nivel (bajo, pero mucho mas alto que en muchos otros lenguajes)

Utiliza un formato estandarizado muy manejable para las imagenes cargadas y dispone de javaIO para leerlas o guardarlas (transformarlas) en cualquier formato, aunque para los formatos mas habituales no es necesario.

Busca Java2D y similares (Visita www.jmonkeyengine.com. La base de graficos no es Java sino nativa pero alucinaras con lo que puedes hacer escribiendo solo Java

Un saludo

Buenas dannyverm, te conteste el otro dia pero no se porque no se publico el mensaje.
En resumen te comentaba lo siguiente:

-No existe en la API java nada que te lo haga directamente
-Lo que tienes que hacer es implementar el algoritmo fill flood. En la wikipedia se explica muy bien y vienen ejemplos en pseudocodigo: http://es.wikipedia.org/wiki/Algoritmo_de_relleno_por_difusi%C3%B3n
-Tienes un ejemplo de una implementacion en Java aqui: http://stackoverflow.com/questions/2783204/flood-fill-using-a-stack/2783341#2783341

Saludos

Genial, eres un crack! Tengo curiosidad por ver como lo has implementado.
Puedes postearlo o es algo propietario?

Un saludo,