Hola.
Necesito configurar Jaas Realm sobre Linux, en sí lo tengo configurado registrando los usuarios en el tomcat-users.xml. El problema es que necesito almacenar los usuarios y contraseñas en un archivo plano, pero no se como indicar al tomcat que busque en ese archivo, donde guardar al archivo y cual es la estructura de ese archivo. Mil gracias si alguien me puede ayudar.

Buenas,

Metiendo "JaaS Real" en Google, como segundo resultado me sale esto:
http://www.byteslounge.com/tutorials/jaas-authentication-in-tomcat-example

Es un tutorial paso a paso de como hacer precisamente lo que dices, incluso es para Linux. La única diferencia es en el metodo "login", que en tu caso en vez de validar user-password hardcodeado como en ese ejemplo tendrás que leer tu fichero y validar si el usuario y password introducidos se corresponden con algunos de los que contiene.

Un saludo