En eso tienes toda la razón! El problema es que soy un poco principiante con java, exactamente es una aplicación de escritorio y estoy usando netbeans 7.3.1, pero el código lo genero todo a mano, no uso el GUI para generar el código.
Te comento lo que tenia pensado pero no me sale:
Tengo un solo JFrame, al cual le agrego un JDesktopPane para cargarle los componentes, al JDesktopPane lo deje a mi gusto y le agrege los botones, luego tenia pensado agregarle a los botones la funcionalidad de que me cambien el contenido del "lado derecho" que se encuentra en mi JDesktopPane, pero para que cada botón no cambie todo por completo había pensado en que cada botón al presionarlo haga que el "contenedor" (del otro botón) que antes estaba visible le haga un .setVisible(False), y cargue el "contenedor" que le tiene asignado el botón que a sido presionado.

Espero que hallas entendido lo que quiero hacer porque hasta ahí va todo bien, el problema radica en que nose que tipo de "contenedor" usar (los que yo conozco son: JInternalFrame, JPanel, JDesktopPane), y no quiero usar un JInternalFrame porque no quiero que se abra una ventana interna, ya que quiero cambiar es el contenido que esta en el JDesktopPane, por el hecho de usar un JDesktopPane no voy a usar otro adentro de ese (creo que lógicamente eso seria incoherente), y por ultimo me queda el JPanel (el cual nose usar muy bien).

Mis problemas con el JPanel son que nose como agregarlo al escritorio porque hago .add(...) como con cualquier componente y no aparece, y si lo agrego al JFrame se superpone tapando completamente mi JDesktopPane, por lo que había pensado hacer era dimensionar a mi JDesktopPane y a mi JPanel, para que el se vean los botones que estan en el Desktop y se superponga en un costado el Panel (sin tapar mis botones), pero no funciona.

Conclusión: No tengo idea que hacer. Espero tu ayuda, muchas gracias por responder.