Hola lo que sucede es que debes declarar un nuevo objeto de la clase Scanner para utilizarlo con el nextLine, ya que si utilizas nextInt,nextDouble junto con nextLine suele darse ese tipo de problemas.
ejemplo:
Scanner inputEntero= new Scanner(System.in);
Scanner inputString = new Scanner(System.in);
int entero = inputEntero.nextInt();
String cadena= inputString.nextLine();
en la linea de codigo
System.out.println( "Introduzca nombre para empleado2: " );
nombre = entrada.nextLine();
debes quitar el "Line" no se xq pero yo tenia el mismo problema solo asi lo solucione. haslo tanto con el nombre como el apellido para que se desaparesca el error