Tengo una DLL en SYSTEM32 y se el nombre de sus métodos ¿cómo llamar desde una aplicación Java a esos métodos de la DLL?

Buenas,

Puede acceder a esos métodos a través de una interfaz JNI: http://es.wikipedia.org/wiki/Java_Native_Interface

Pero para tu caso, que solo quieres consumir ciertas funciones de una DLL, yo te recomendaría otra librería de más alto nivel llamada JNA. Te va a resultar mucho más sencilla de utilizar, ya que se encarga de generar por tí de forma transparente las interfaces JNI:
https://github.com/twall/jna#readme
http://blog.mwrobel.eu/how-to-call-dll-methods-from-java/

Un saludo