No hay ningún problema. Declaras un array de dos dimensiones:
int[][] matriz9 = new int[8][8];
y llenas sus posiciones con los datos de los arrays de 3x3
Todo es cuestion de aprender a llevar y recorrer los arrays usando ciclos, si lo aprendes podras hacer lo que necesitas; te dejo un link.
http://usandojava.blogspot.com/2013/10/aprender-programar-unsando-arreglo-y.html
Mi duda es la siguiente, puedo llenar una matriz a partir de otras?
Ejemplo:
Mi matriz principal es de 9x9 y tengo q llenarla a partir de 9 matrices de 3x3
Se puede hacer eso? Me darian una idea de como se podria hacer?
Saludos
Muchas gracias