Hola chose , juro que he puesto mucha atención a lo que me has planteado anteriormente, pero en la práctica no me resulta, por ejemplo , al declarar el String TIPO = str.substring(0,1) , CON 0,1 no me lee nada, tengo que dejarlo en 0,2.
Por otra parte hice algunos cambios y ya me lee el archivo como viene , pero no como lo deseo , adjunto lo que cambié:
String str = lineaCompleta.toString();
String TIPO = str.substring(0,2);

if(TIPO.equals("02")) {
// Viene de estructura 02
String RUT = str.substring(4,12);
String DIGITO = str.substring(12,13);
String PROVEEDOR = str.substring(13,59);

System.out.println(TIPO+" "+ RUT + " " + DIGITO+ " "+PROVEEDOR);

}else {
if (TIPO.equals("03")) {
//Vienen de estructura 03
String TIPODOC = str.substring(2, 5);
String DOC = str.substring(6, 15);
String CUOTA = str.substring(16, 18);
String MONTO = str.substring(19, 31);
String PAGO = str.substring(32, 44);
String EMISION = str.substring(45, 52);
String DESCRIP = str.substring(53, 120);

System.out.println(TIPO+" "+ DOC + " " + CUOTA + " " + MONTO + " " + PAGO + " " + EMISION + " " + DESCRIP);
}

y lo muestra así:

02 99593200 8 Bodenor Flex Center S.A
03 643 00 006576340900 000445615500 7042014
03 642 00 006576340900 000330699600 7042014
03 641 00 006576340900 005800025800 7042014
02 99560200 8 KREIS Sociedad Anomina
03 663 00 000713211600 000713211600 3032014
02 09092112 6 Rodrigo Alejandro Jorquera
03 1480568 00 000056908600 000056908600 1042014

lo que me falta es que me muestre el rut y dígito en la misma linea que los doc.

Saludos.

hola, lo que yo busco es que lo muestre así:

RUT DIGITO DOC CUOTA MONTO PAGO
99593200 8 643 00 006576340900 000445615500
99593200 8 642 00 006576340900 000330699600
99593200 8 641 00 006576340900 005800025800