Pues mira justo estoy metido en lo mismo que estoy tú, y la verdad es que todo es un poco confuso al principio.

Tienes que diferenciar 2 cosas que se pueden generar a partir de un wsdl.

1 - La parte servidora que creo que es lo que quieres crear tu, es decir que cuando se llame a la URL de tu webservice en el navegador se ejecutará tú código en el servidor (tomcat y axis2 en mi caso). Esto te genera un Skeleton donde puedes poner tú código que es el que se ejecutará al ser llamado.

2 - La parte cliente este código que se genera es para usar el webservice, en vez de usar el navegador para hacer las llamadas puedes hacerlo desde un programa java. Para ello se utiliza el cliente generado.

Entendiendo esta primera parte después tienes que elegir entre los sistemas de binding que existen (AXIOM, ADB, XMLBEANS, JIBX) esto simplemente es el tipo de código que se generará en los pasos 1 y 2, dependiendo del que eligas necesitará unas librerias u otras y la manera de hacer las llamadas y acceder a los datos será de una manera u otra. Yo he usado XMLBEANS que es el que quería el jefe.

Yo he aprendido esto a partir de la web de Axis2 y haciendo los ejemplos que tiene en la quick start guide, el código con todos los ejemplos lo tienes al descargarte axis2.

Te pongo los enlaces:

http://axis.apache.org/axis2/java/core/docs/installationguide.html

En este primer enlace te lo descargas: Descargate el Standard donde están los códigos de ejemplo y el WAR para ponerlo en un tomcat y desplegar tus webservices.

http://axis.apache.org/axis2/java/core/docs/quickstartguide.html

La guia de aprendizaje rápido, con paciencia y yendo paso a paso tienes como hacer la parte servidor y la parte cliente.

Los webservices los puedes desplegar en un tomcat (como te explica en las instrucciones) pero también tienes otra tecnología donde es mucho más fácil, de usar y probar que es el wso2 application server que ya trae un axis2 dentro y es muy fácil y intuitivo desplegar tus .arr (es el paquete de despliegue de los webservices) a través de la consola web.

http://wso2.com/products/application-server/

No es difícil pero necesitaras algo de tiempo para pillarle el truco.

Cualquier duda nos cuentas.