Tendrás que borrar la línea y escribir otra. La forma sencilla de hacerlo es leer el fichero en un array de objectos "Libro" en memoria, modificar los datos en el array, crear un nuevo fichero y volcar en él el array de objetos "Libro" modificado y, por último, borrar el fichero anterior y renombrar el nuevo recién creado.

EDITO: realmente, puedes sobreescribir el fichero con el mismo nombre, así que no hace falta que te molestes en crearlo con otro nombre, borrar el antiguo y renombrar, aunque eso te ofrece más seguridad en los datos (p.e.: si por cualquier motivo falla la nueva creación del fichero, en caso de haberlo creado con otro nombre no habrías perdido los datos anteriores).