Si solamente has usado Java para el desarrollo, solo debes incluir tu código, y las librerías Java externas que necesite, en tu distribución. El usuario solo necesita un JRE, a ser posible, o necesariamente, de versión igual o superior a la que hayas usado en el desarrollo.
Esto es lo que no entiendo: "... ya que adapte el programa para el sistema operativo Mac con sus directorios". ¿Por qué necesitas hacer eso?. La ventaja de Java es que se puede usar el mismo código en diferentes plataformas.