Mass-Up: herramienta java para análisis de datos de espectrometría de masas por MALDI-TOF

Mass-Up es una herramienta open source para análisis de datos de espectrometría de masas por MALDI-TOF 100% hecha en java.

Las características principales son:

• 100% Java.
• Software libre.
• Basada en el framework AIBench (http://www.aibench.org/).
• Carga de datos de MALDI-TOF desde diferentes formatos como mzML, mzXML y CSV.
• Funciones para preprocesamiento (basadas en llamadas a librerías de R), que incluyen normalización, suavizado (smoothing), corrección de linea base (baseline correction), detección de picos (peak detection) e identificación de picos comunes (peak matching).
• Soporte para la fácil aplicación de diferentes tipos de análisis a los datos. Entre los análisis se incluyen: clustering jerárquico, biclustering, descubrimiento de biomarcadores, control de calidad, análisis de componentes principales (PCA) y análisis de clasificación.

Nota: noticia enviada por hlfernandez

Comments

[zemi]

Hola,

enhorabuena por el proyecto. No he encontrado el código fuente en la web ¿está subido a algún repositorio de código?

[hlfernandez]

Muchas gracias por tu comentario zemi.

En breve subiremos el código a sourceforge (https://sourceforge.net/projects/mass-up/).

Un saludo.